毕业证书不一样（全日制大专的毕业证书是由所读的高校颁发，自考大专毕业证书由自考委颁发）；报考的学校选择不一样（全日制大专可以报考的是全国各地的开设有大专学历的院校，自考专科可以报考的大学有限）；学习方式不同（自考专科的学习方式主要有全日制、业余制和完全自学，全日制大专只有一种学习方式）。
1、毕业证书不一样
全日制大专的毕业证书是由所读的高校颁发，并且是由所读高校签署，含有“全国高等全日制教育”字样，该学历文凭含金量最高。
自考大专毕业证书由自考委颁发，有主考学校签署的大专毕业证书，该证书含金量次于全日制大专的含金量，但高于成人教育中其他教育模式的大专学历，含有“自考”字样。
2、报考的学校不一样
全日制大专可以报考的是全国各地的开设有大专学历的院校，只要分数符合录取分数即可。
自考是省自考办把省开设的所有自考专业分成若干部分，分别分配给当地省几个有主考能力的大学。可以报考的大学有限。
3、学习方式不同
全日制的大专是周一到周五即正常工作时间在学校上课。也可能只上4天或连续上6天课。全日制的学校一般会提供食宿条件。
自考专科的学习方式主要有：全日制、业余制和完全自学。全日制指的是考生自费入学，老师教授学习。业余制是利用周末或者晚上去辅导班上课，由老师辅导。完全自学是自己买书在家学习，有问题通过书本或其它途径解决，很多自考生选择完全自学。